Поселение на месте впадения реки Юхоти появилось ещё в XI-XII в. в., но в 1238 г. город был разорён кочевниками.
В дальнейшем люди вернулись на это место, но это было уже село, пока в 1778 г. его не сделали уездным городом.
Архитектурных достопримечательностей в городе немного, они не такие старые, как в соседнем Угличе, все они расположены недалеко от Никольской площади.
Никольский собор 1766 г., Успенский собор 1805-1820 г. г.
Гражданские здания:
Присутственные места. Конец XIX в.
Дом Серебряковых. Конец XIX в.
Усадьба П. Е. Чистова. 1830—1850 г. г.
Усадьба Т. В. Чистова. 1830—1850 г. г.
Земская уездная управа. 1840—1860 г. г.
Дом Литвинова. 1850 г. г.
Дом Пожаловых. 1850 г. г.
Сохранилась деревянная застройка города.
Мышкинский народный музей создан в 1966 г. В. А. Гречухиным, и сейчас он включает в себя несколько музеев: Музей мыши, Историко-бытовой музей, Музей П. А. Смирнова, Краеведческий музей, Историко-этнографический музей под открытым небом, Музей Учемского края.